10X Genomics 的 10XV2 和 10XV3 是两种单细胞 RNA 测序（scRNA-seq）文库制备协议，主要区别如下：
1. 化学试剂版本
- 10XV2: 使用的是第二代化学试剂（v2 chemistry）。
- 10XV3: 使用的是第三代化学试剂（v3 chemistry），改进了文库制备效率和数据质量。
2. 捕获效率
- 10XV3: 提高了捕获效率，能够捕获更多的细胞和 RNA 分子。
- 10XV2: 捕获效率相对较低。
3. 测序灵敏度
- 10XV3: 提高了测序灵敏度，能够检测到更多的基因和低丰度转录本。
- 10XV2: 灵敏度较低，可能会漏掉一些低表达基因。
4. UMI（Unique Molecular Identifier）长度
- 10XV2: UMI 长度为 10 个碱基。
- 10XV3: UMI 长度增加到 12 个碱基，减少了 UMI 碰撞的可能性，从而提高了定量准确性。
5. 文库结构
- 10XV3: 文库结构有所优化，能够更好地适配测序平台。
- 10XV2: 文库结构较旧，适配性稍差。
6. 推荐用途
- 10XV3: 更适合需要高灵敏度和高通量的实验。
- 10XV2: 适合预算有限或对灵敏度要求不高的实验。
7. 数据分析兼容性
- 10XV3: 需要在分析管道中指定
--protocol 10xv3。 - 10XV2: 需要在分析管道中指定
--protocol 10xv2。
总结
- 如果实验预算允许，建议使用 10XV3，因为它在灵敏度、效率和数据质量上都有显著提升。
- 如果使用的是旧数据或已有的 V2 化学试剂，则需要在分析时指定
10xv2协议。
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