生物信息技术
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VISION:Functional Interpretation for scRNA-seq Data
Preliminaries If you have yet to install VISION, we recommend installing the package from Github to install this package…
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Developmental cell:整合单细胞蛋白质组学和转录组学的人类乳腺图谱-A human breast atlas integrating single-cell proteomics and transcriptomics
Published:May 25, 2022DOI:https://doi.org/10.1016/j.devcel.2022.05.003 The breast is a dynamic organ whose response to p…
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ggsci:ggplot2科学期刊主题调色板
1.介绍 ggsci 提供一系列高质量的调色板,其灵感来自于科学期刊、数据可视化图书馆、科幻电影和电视节目中使用的颜色。.The color palettes in ggsci are available as ggplot2 scales…
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在Ubuntu 18.04上编译bcl2fastq v2.20
与MiSeq使用MiSeq Reporter自动将二进制碱基调用(BCL)文件转换为FASTQ格式不同,NextSeq、HiSeq和NovaSeq系统的输出需要用户开发的或第三方的数据分析工具,如bcl2fastq,来转换为FASTQ。除了…
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conda 安装R语言及其R
1.配置Conda镜像源 conda config –add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free conda config –add chan…
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Cell Ranger – 6.1.2安装和使用
1.安装curl/wget curl -o cellranger-6.1.2.tar.gz “https://cf.10xgenomics.com/releases/cell-exp/cellranger-6.1.2.tar.gz?Expi…
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利用R读取h5ad文件
安装包 install.packages(“remotes”)remotes::install_github(“mojaveazure/seurat-disk”,force = TRUE) 加…
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R:使用clusterProfiler进行DAVID GO富集分析
require(DOSE) require(clusterProfiler) data(geneList) gene = names(geneList)[abs(geneList) > 2] david = enrichDAVID(g…
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R:使用GOplot对GO分析结果作图
安装 # Installation of the latest released version install.packages(‘GOplot’) # Installation of the latest development ver…
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R:UniProt.ws包转换Accession,ENSEMBL,ENSEMBL_PROTEIN等
UniProt.ws提供了一个通往UniProt网络服务的选择查询接口。UniProt.ws是与Bioconductor的Uniprot网络服务互动的基础包。 与AnnotationDb对象允许对许多其他注释包进行选择一样,UniProt.…