生物信息技术
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rconfig:在命令行管理 R 配置
Configuration management using files (JSON, YAML, separated text), JSON strings, and command line arguments. Command lin…
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SCENIC:cisTarget databases数据库下载
List of databases for the cisTarget family of tools (e.g. RcisTarget, SCENIC/pySCENIC, and cisTopic). To choose the data…
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FunRich：功能丰富的分析工具
FunRich：功能丰富的分析工具http://www.funrich.org/ FunRich 是一个独立的软件工具，主要用于基因和蛋白质的功能富集和相互作用网络分析。此外，分析结果可以以维恩图、条形图、柱形图、饼图和圆环图的形式进行图形…
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Linux操作系统:常用命令
Linux系统的命令通常都是如下所示的格式： 命令名称 [命名参数] [命令对象] 获取登录信息 – w / who / last/ lastb。 [root ~]# w 23:31:16 up 12:16, 2 users, …
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scvi-tools：单细胞组学分析python库
scvi-tools ( https://scvi-tools.org/ )，是一个用于单细胞组学数据概率建模的软件包，建立在 PyTorch 和 AnnData 之上。 该软件包托管了几个模型的实现，这些模型执行广泛的单细胞数据分析任务，…
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Perl拆分FASTA文件
将FASTA文件按照用户指定的序列条数进行拆分，即每n条序列写到一个文件中，或者按照指定的输出文件数进行拆分，则每个文件中包含的序列数相同 脚本名：splitFasta.pl #!/usr/bin/perl use strict; use …
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ggplot2绘图教程
直方图：geom_histogram 分组直方图的排列方式 position=”dodge” ggplot(small)+geom_histogram(aes(x=price, fill=cut), position=”dodge”) ht…
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STAMP:微生物物种与功能组成的可视化软件
STAMP是一款分析微生物物种与功能组成的可视化软件，STAMP 1.0于2010年发表在Bioinformatics杂志，后期2014年的2.0版本同样在Bioinformatics发布，目前最新版本为2.1.3。该软件除了能够绘制探索性…
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R：使用R连接数据库处理数据
1.数据库连接 library(DBI) library(dplyr) library(dbplyr) library(odbc) con <- dbConnect(odbc::odbc(), “Oracle DB”) 2.使用DBI…
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单细胞 RNA 测序方法的比较分析Comparative Analysis of Single-Cell RNA Sequencing Methods
单细胞RNA测序（scRNA-seq）为解决生物和医学问题提供了新的可能性。然而，缺乏对各种scRNA-seq协议性能的系统比较。我们从583个小鼠胚胎干细胞生成数据，以评估六种scRNA-seq方法：CEL-seq2、Drop-seq、M…
